山西功能食品研究院隶属于山西农业大学，于2019年由原山西省农业科学院农产品加工研究所（1979）、原山西省农业科学院食用菌研究所（1988）、原山西农业大学山西功能食品研究院（2017）合并成立，位于省会太原市。

山西功能食品研究院是山西省内唯一从事功能农副产品加工转化增值技术开发的专业研究机构。研究院以“强农兴农”为己任，主要开展特色农产品产地环境与质量安全监控、功能食品开发与评价工作，致力于为相关产业发展提供科技支撑和技术指导。

研究院下设4个行政科室（党政办公室、教务科研办公室、社会服务办公室、财务资产科）和8个业务科室（原料功能因子挖掘与利用研究室、发酵工程技术研究室、粮食加工研究室、果蔬加工研究室、菌物开发利用研究室、特色农产品加工研究室、功能食品评价中心、功能食品产业化研究室）。目前，全院在职职工80人（在职党员37人），领导班子4人，1正3副，其中研究员9人，副研究员31人，博士10人，硕士39人，硕士研究生导师 7名。国家燕麦荞麦产业技术体系岗位专家1人，山西省现代农业产业技术体系首席专家1人，副首席专家2人，岗位专家11人。

山西功能食品研究院现有实验室6400平方米，中试车间2000平方米，大型仪器设备80多台(套)，总资产5000余万元。“十三五”以来先后承担各级各类研究项目76项，获山西省专利奖、科技进步奖等4项，发表论文90余篇，授权发明专利30项，制定国家、行业及地方标准18项，鉴定成果5项；依托建设有“省部共建黄土高原区域功能农业国家重点实验室（功能食品单元）”、“国家茶叶质量安全工程技术研究中心药茶中心”、“国家杂粮加工技术研发分中心”、“农业部杂粮产地加工技术集成基地”、“农业部果品发酵加工技术集成科学试验基地”、“全国农产品质量安全与营养健康科普工作站”、“国家农用微生物领域农业科技实验站”、“山西省科普教育基地”、“特色农产品加工山西省重点实验室”和“山西杂粮技术工程中心”等全国及省部级平台10个；也是“国家食药同源产业科技创新联盟理事长单位”、“国家杂粮业技术创新战略联盟副理长单位”、“国家农产品加工产业科技创新联盟常务理事单位”。

研究院自成立以来，已在食药用菌、特色果蔬、特色杂粮等功能食品开发方面，形成了较为明显的研究方向与特色创新。多项科技成果经过中试熟化已实现产业化应用，产生了显著的社会经济效益。